Neben den obligatorischen Unterrichtsfächern steht den Schülerinnen und Schülern an der Kantonsschule Zimmerberg ein vielseitiges Angebot an Freifächern, Arbeitsgemeinschaften und Instrumentalunterricht zur Verfügung, welches in den kommenden Jahren laufend ausgebaut wird. Zu den Arbeitsgemeinschaften gehören auch die Schulsportkurse. Abhängig von den Inhalten sind die fakultativen Kurse für einen bestimmten Jahrgang oder jahrgangsübergreifend. Der Instrumentalunterricht findet einzeln statt.

Der fakultative Unterricht ermöglicht den Jugendlichen, ihre Neigungen und Talente zu vertiefen. Das Angebot umfasst musische, technische, sprachliche oder auch sportliche Aktivitäten. Beispielsweise können die Schülerinnen und Schüler in Freifächern wie Ethik oder Latein ihren Horizont erweitern oder in Arbeitsgemeinschaften wie z. B. Bandworkshop, Virtual Reality Lab oder Volleyball ihren kreativen und sportlichen Interessen nachgehen.